我院肛肠外科、肝胆胰外科、胆道结石诊治中心，肛肠外科被列入浙江省医学龙头学科。浙大一院重点协作科室，建有浙大一院郑树森院士及林建江专家工作站，广州中医药大学第一附属医院王伟、上海仁济医院刘颖斌、上海新华医院吴晔明、浙江省人民医院陶然专家工作站。浙一等三甲医院专家常驻或定期坐诊、手术、会诊、教学查房等。

科室年手术人次数千例，可开展严重腹腔脏器多发伤、复合伤抢救及各种恶性肿瘤根治术。微创技术广泛应用，配备有电子结肠镜、胆道镜、ERCP等离子电切镜、腹腔镜、大型腔内彩超机等高新医疗设备。

肛肠外科主要诊治便秘、痔疮、肛瘘、肛裂、直肠阴道瘘、肠粘连、肠梗阻、结直肠癌等疾病，结直肠癌微创手术率达80%以上，开展直肠癌低位保肛、痔上粘膜环切吻合术以及各种高难度手术。

肝胆胰外科胆道结石科主要诊治肝脏、胆囊、胆道、胰腺及脾脏的外科疾患，尤其在肝脏肿瘤，胆石症，肝内外胆管结石，胰腺肿瘤，胰腺炎及门脉高压症等相关疾病的诊断与治疗有丰富的临床经验和成熟的技术。